Als Ökokonto wird die gezielte Bevorratung von Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen bezeichnet, die bei späteren Eingriffen in Natur und Landschaft als Kompensationsmaßnahmen angerechnet werden können.
Mit Hilfe des Ökokontos werden Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen vorgezogen, dokumentiert und verwaltet, bis sie einem Eingriff zugeordnet werden können.
Man kann vor der Durchführung von Maßnahmen von der zuständigen Behörde eine Anrechnung als Ersatzmaßnahme bei zukünftigen Eingriffen verlangen, wenn man diese ohne öffentlich-rechtliche Verpflichtung oder Förderung durchführt und wenn von ihnen dauerhaft günstige Wirkungen auf den Naturhaushalt ausgehen.
 
Die frühzeitige und aktive Bevorratung von Kompensationsflächen trägt dazu bei, die Kosten für den Ausgleich zu senken. Sie erleichtert auch die Anwendung der Eingriffsregelung.
Besonders empfehlenswert ist ein Ökokonto in Gebieten mit einer dynamischen baulichen Entwicklung, in Gebieten mit hohen Bodenpreisen oder Knappheit an geeigneten Ausgleichsflächen. Die entstehenden Kosten zum Beispiel für Planung, Grunderwerb und Herstellung der Maßnahme bis zum Erreichen der angestrebten ökologischen Funktion können refinanziert werden.
Die Natur hat durch die Einrichtung eines Ökokontos eine Chance auf vorzeitiges Erreichen von Entwicklungszielen, im Gegensatz zur Erbringung der Kompensation während bzw. nach dem Eingriffsvorhaben.

So können Flächeneigentümer (Landwirte, Waldbesitzer, Gemeinden etc.) auf ihren Grundstücken Maßnahmen durchführen, die dauerhaft günstige Auswirkungen auf den Naturhaushalt haben und die diese Flächen ökologisch aufwerten. Diese Flächen können als "Guthaben" in ein "Ökokonto" zur Kompensation für spätere Eingriffe in Natur und Landschaft (z. B. für ein Bauvorhaben) eingebucht werden. Konkret geht es um aufwertungsfähige Flächen ab einer Mindestgröße von 5.000 m².